זוהי חגיגה כפולה שכן יוהאנס זכה גם במאמר החודש באפריל האחרון. לרגל רצף הזכיות המרשים, ביקשנו מיוהאנס לשתף אותנו בכמה פרטים מעניינים על המחקר במעבדה, על המאמר הנוכחי ועוד.
היי, יוהאן. לטובת אלה שעדיין לא מכירים אותך, אנא הצג את עצמך במשפט.
אני דוקטורנט במעבדה של אילה שיבר. הגעתי במקור ממתמטיקה-פיזיקה, אך תמיד הייתה בי תשוקה להבין את המנגנונים המאפשרים חיים. מדע ומחקר ריתקו אותי מאז שאני זוכר את עצמי.
במה עוסקת מעבדת שיבר באופן כללי?
אנחנו עוסקים בנושא של ייצור חלבונים, תפקוד הריבוזום וקיפול חלבונים. בפרט, אנו מתמקדים בהתרכבות חלבונים לכדי קומפלקסים. אנחנו בוחנים וחוקרים את התהליך משלל כיוונים, מרמת הרנ"א, דרך הקיפול וההתרכבות וכלה ביציבותם ופירוקם.
ספר על המאמר הנוכחי. מאז הריאיון הקודם שלנו, אילו התפתחויות חדשות ומעניינות חלו במחקר שלך?
בניגוד למאמר הקודם, אשר התמקד בפן האנרגטי של יצירת הקומפלקסים, כאן אנו מסתכלים על מאפיינים מבניים באופן שמשלים את התוצאות הקודמות.
אנא הסבר על החשיבות מאחורי הגילוי ואיך אתה רואה את המחקר שלך משפיע על התחום בשנים הקרובות?
התרכבות חלבונים לכדי קומפלקסים פונקציונליים היא קריטית לתהליכי החיים. בעוד שהרכבת קומפלקסים חלבוניים מתוארת באופן קלאסי כמתרחשת בין חלבונים שסיימו להתקפל, עבודה עדכנית הראתה שהתרכבות תוך כדי תרגום נפוצה גם בתאים אנושיים. עם זאת, הבסיס הביולוגי לקיומו של תהליך זה וזהותם של זוגות חלבונים המתגבשים תוך כדי תרגום נותרו עלומים. אנו מראים כי התרכבות מצומדת תרגום נשלטת על ידי מאפיינים מבניים של קומפלקסים וכוללת תת-יחידות המייצבות באופן הדדי אחת את השנייה. בהתאם לכך, תת-יחידות המתרכבות תוך כדי תרגום אינן יציבות לבדן ומציגות פרוטאוסטזיס מסונכרן עם תת היחידה השותפה. על ידי מינוף חתימות מבניות ותחזיות מבוססות AlphaFold2, חזינו במדויק הרכבה משותפת, כולל זהויות של זוגות, בקנה מידה של פרוטאום ולרוחב מינים. אימתנו את התחזיות שלנו על ידי ניסויית על ידי התבוננות ישירה על אינטראקציות תוך כדי תרגום של קומפלקסים שחזינו בהסתברות גבוהה כי יתרכבו תוך כדי תרגום. עבודה זו מבססת קשר בסיסי בין מבנה החלבון לבין תהליך התרגום, תוך הדגשת ההשפעה הכוללת של מבנה תלת ממדי על ביטוי גנים, לוקליזציה של מרנ"א ופרוטאוסטזיס.
ציין שלושה כלים בולטים שקיבלת במעבדה במהלך העבודה והלימודים שלך?
- חידוד החשיבה הביקורתית ויכולת ניתוח נתונים שאני אוסף במחקרים שלי ומקריאת מחקרים בכללי.
- תכנון וביצוע ניסויים – לתווך המידי ברמה של יישום פרוטוקולים חדשים ולא מוכרים ולתווך הרחוק בבניית תוכנית עבודה תוך התבססות על שאלת מחקר.
- כתיבה אקדמית. לבנות מאמר, לכתוב ולנסח אותו בהתאם לתקנים\סטנדרטים אקדמיים.
איך אתה מצליח לשלב בין המחקר לחיים האישיים שלך, ואילו תחביבים או פעילויות עוזרים לך לשמור על האיזון?
גם בזמני הפנוי אני נוטה לעסוק במדע, פשוט שלא בהכרח קשור באופן ישיר למחקר; בין אם זה לקרוא וללמוד על מערכות בגוף מזווית מבט יותר רפואית, או להרחיב את הידע שלי בכימיה. מעבר לכך אני נהנה לצייר, לתפור, לנגן בפסנתר, ולאחרונה גם להכניס ספורט לרוטינה.
מה השאיפות להמשך הקריירה?
ישנה התלבטות קשה בין המשך לכיוון מחקר בתעשיה בהקשר של פיתוח תרופות או כחלק מסטרט-אפ בתחום, או לחפש משרת פוסט-דוק בחו"ל.
⬅ לינק למאמר: https://doi.org/10.1101/2024.01.20.576408
⬅ לינק לדף של ד"ר איילה שיבר: https://did.li/Ui05q
⬅ לינק לאתר מעבדת שיבר: https://shiberlab.wixsite.com/shiber
