הוועדה לתארים מתקדמים בפקולטה לביולוגיה בוחרת מידי חודש את המאמר המדעי המוביל מבין כל המאמרים המדעיים שהתפרסמו לאותו חודש.
אנחנו שמחים לספר כי הזוכה במאמר החודש נוב' 2023, היא פלג רגוניס אשר מאמרה פורסם ב- Proteins structure, function and bioinformatics.
לרגל הזכייה דלינו מפלג מס' פרטים מעניינים על המחקר, על הדרך שהובילה אליו וגם קצת עליה:
● הי פלג נשמח שתציגי את עצמך במשפט: נולדתי וגדלתי בכוכב יאיר, וגרה 8 שנים בחיפה יחד עם משפחתי האהובה, בן זוגי אורן סטודנט לדוקטורט בפקולטה לביוטכנולוגיה ומזון, הבן שלנו ארז והכלבה ג'סי. למדתי תואר ראשון בפקולטה למדעי המחשב עם התמקדות בביואינפורמטיקה בטכניון, התאהבתי בתחום ומיד התחלתי מאסטר ומעבר למסלול ישיר לדוקטורט במעבדת לנדאו בפקולטה לביולוגיה בטכניון.
● ספרי לנו על המאמר/המחקר הנוכחי, מה הייתה מטרת המחקר ומה גיליתם?
מטרת העל הכללית במעבדה היא לחקור חלבונים עמילואידים ולהבין את הקשר בין המבנה שלהם לפעילות שלהם. חשוב לציין באופן יותר כללי שקביעת מבנה של חלבון (מכל סוג) היא חשובה ויכולה לסייע המון ללמידה על התפקיד שלו ויכולה להוות מקפצה לאפליקציות בעולמות הרפואה וביוטכנולוגיה. במעבדה שלנו אנו מתרכזים בחלבונים עמילואידים שקשורים למחלות פתולוגיות וזיהומיות.
בפרויקט המחקר הנוכחי ניסינו לבדוק את יעילות אלגוריתם ה-AlphaFold עבור ניבוי מבנים של חלבונים עמילואידים. מבנים של חלבונים מסוג זה הינם מורכבים ושונים מאוד ממבנים של חלבונים רגילים ולכן מאוד קשה לקבוע את המבנים שלהם הן בצורה ניסויית והן על ידי כלים חישוביים שפותחו בעבר. אלגוריתם ה-AlphaFold הינו הכלי החדשני והמדוייק ביותר שיצא עד היום, ורצינו לבדוק את היכולות שלו על החלבונים המיוחדים שלנו. גילינו שבאופן מפתיע אלגוריתם ה-AlphaFold לא מזהה מבנים עמילואידים נפוצים וידועים, אלא מזהה מבנים נדירים ומיוחדים שגילינו במעבדה בצורה ניסויית. חשוב לציין שהם אינם זהים במדוייק למבנים הניסויים, אולם אותם עקרונות מתקיימים בשניהם.
• אנא הסבירי על החשיבות מאחורי הגילוי? למה תשמש אתכם התגלית ואילו כיוונים זה פותח? מה יישומה של התגלית (תחומים, פתרונות)? תוצאה זו יכולה לרמז על תפקיד פונקציונאלי של המבנים המיוחדים שגילינו במעבדה, היות והאלגוריתם שנבנה על בסיס אלפי מבנים מעדיף אותם על פני דמיון למבנים הנפוצים. אולם, לא נוכל להסתמך רק על כלי זה בהמשך מכיוון שתוצאותיו אינן מדוייקות מספיק עבורינו. ולכן כמחקר המשך אנו מפתחים כלים אחרים שיסייעו לנו לחקור חלבונים עמילואידיים הן מבחינת ניבוי המבנה שלהם והן מבחינת סיווג והבדלה בין סוגי עמילואידים שונים.
• כשאינך עוסקת במדע, מה את עושה?
בזמני הפנוי אני משקיעה במשפחה שלי, בראש ובראשונה בבן שלי ובבן הזוג שלי ומבלה הרבה עם המשפחה המורחבת בטיולים בטבע, ארוחות וחוויות משותפות.
● מה תכוניותיך להמשך הקריירה? כבר מהתואר הראשון התאהבתי בתחום הביואינפורמטיקה ומרגישה שהשילוב בין עולם מדעי המחשב לתחומי הביולוגיה הוא מושלם בשבילי. לכן, אני שואפת להמשיך לעסוק במחקר, וכאבן דרך ראשונה לעשות פוסט-דוקטורט בחו"ל ולהמשיך לאתגר את עצמי ולרכוש ידע ומיומנויות חדשים.
⬅ לינק למאמר: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.26618
⬅ לינק לדף של פרופ' מיטל לנדאו: https://biology.technion.ac.il/member/%d7%9c%d7%a0%d7%93%d7%90%d7%95/
⬅ לינק לאתר מעבדת לנדאו: https://mlandau.net.technion.ac.il/
